CMakeによって生成されるVisual C++のプロジェクトに、ディレクトリのフィルタを追加する

source_group()命令を使う。

source_group(フィルタ名 FILES ファイルリスト)
source_group(フィルタ名 REGULAR_EXPRESSION 正規表現で書かれたファイルリスト)

追記(2014/5/20)

サブディレクトリをフィルタ名に設定する場合は、ディレクトリ区切り文字を「\\」(バックスラッシュ x 2)にする必要がある。「/」(スラッシュ)ではダメ。